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フレックスタイム制での残業時間の考え方は？計算方法や注意点を解説
- 記事公開日：
- 最終更新日：2026-06-04
- この記事の3つのポイント
- フレックスタイム制は、従業員が一定の裁量で始業・終業時刻および労働時間を決められる制度
- フレックスタイム制の残業時間は、清算期間の実労働時間が法定労働時間の総枠を超える時間を指す
- 労働時間の不足分は、繰越後の翌清算期間の総労働時間が法定労働時間の総枠内に収まる場合に限り、翌清算期間に繰り越して清算できる
昨今フレックスタイム制を導入している企業がありますが、残業時間の考え方が通常の働き方とは異なるため注意が必要です。管理者が十分に理解していないと、従業員との給与トラブルなどに発展する恐れがあります。
本記事では、フレックスタイム制の残業時間について、考え方や計算方法、注意点などを詳しく解説します。
フレックスタイム制での残業時間の考え方は？計算方法や注意点を解説
フレックスタイム制とは
フレックスタイム制は、企業が定める一定期間の実労働時間内で、従業員が任意の始業・終業時刻および労働時間を決定できる制度です。
フレックスタイム制では、清算期間を終えた時点で実労働時間が法定労働時間の総枠を超えた分の時間外労働を計算し、結果に基づいて割増賃金を支払う仕組みです。
実労働時間は、実際に労働した時間の合計を指します。法定労働時間の総枠とは、フレックスタイム制などで、残業代の支払い義務が発生しない「対象期間における労働時間の上限」のことです。
労働時間が法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超えたからといって、時間外労働が発生するとは限らない点に留意しましょう。
本章では、フレックスタイム制の清算期間と残業時間について解説します。
なお、フレックスタイム制では、勤務時間を義務付ける「コアタイム」と、従業員が出退勤時間を自由に決められる「フレキシブルタイム」を設定している企業が多く見られます。以下の記事では、コアタイムについて詳しく解説していますので参考にしてください。
関連記事：フレックスタイム制のコアタイムとは？目的や平均的な設定時間について解説
フレックスタイム制の清算期間とは
フレックスタイム制の清算期間は、制度を運用する中で、従業員の労働時間を定めた期間のことです。
清算期間は原則1カ月以内ですが、労使協定の締結と就業規則等への定めを行い、労使協定を所轄労働基準監督署⻑に届出することで、最長3カ月まで設定可能です。設定する清算期間によっては、月をまたぐ労働時間の調整ができるようになり、従業員がより柔軟に働けるメリットがあります。
フレックスタイム制での清算期間や労働時間の調整は、就業規則で明記し労使協定に必要な事項を定めることで適切な運用が可能です。
フレックスタイム制の残業時間とは
フレックスタイム制の残業時間（時間外労働時間）は、清算期間内の実労働時間が「法定労働時間の総枠」を超えたときの時間を指します。日ごとに労働時間の差があっても、清算期間における時間数が法定内であれば残業代は発生しません。
時間外労働に対しては、通常の残業代と同様に25％以上の割増賃金を支払う必要があります。深夜時間帯（午後10時から午前5時）に該当する場合は、さらに25％の深夜割増が必要です。
フレックスタイム制における残業の考え方について、さらに理解を深めたい方は以下の記事を参考にしてください。計算方法や注意点を、わかりやすく解説しています。
フレックスタイム制における残業時間の計算方法
続いて、フレックスタイム制における残業時間の計算方法をケース別に紹介します。給与未払いなどのトラブルを引き起こさないためにも、理解を深めた上で正しく対応しましょう。
清算期間が1カ月以内のケース
清算期間が1カ月以内の場合は「清算期間内の総労働時間」が「法定労働時間の総枠」を超えた時間数を残業時間としてカウントします。法定労働時間の総枠は、以下の式で計算できます。
- 1週間の法定労働時間（40時間）×清算期間の暦日数÷7日
たとえば、清算期間1カ月で暦日数が28日の月に、実労働時間が180時間であった従業員の残業時間を求める考え方・計算式は以下のとおりです。
法定労働時間の総枠 | 40時間×28÷7=160時間 |
|---|---|
実労働時間 | 180時間 |
残業時間 | 180時間-160時間=20時間 |
上記のケースでは、20時間の残業に対して25％以上の割増賃金を支払う必要があります。
清算期間が1カ月を超えるケース
フレックスタイム制の清算期間は、3カ月を上限として延長が可能です。清算期間が1カ月を超える場合、以下2点の基準を使用して残業時間を計算します。
- 清算期間全体の労働時間が週平均40時間を超えていないか
- 1カ月ごとの労働時間が週平均50時間を超えていないか
どちらか一方でも該当する場合は、超えた時間を時間外労働とみなして計算します。
なお、後者の「週平均50時間」は、特定の月に長時間労働が集中することを防ぐためのものであり、行政解釈に基づいて設けられている基準です。
清算期間全体では法定労働時間内に収まっていても、特定の月が週平均50時間を超えた場合、超過分は当月の時間外労働として扱う必要があります。
以下を例に、残業時間を求める考え方・計算式を詳しく見ていきましょう。
期間（暦日数） | 実労働時間 | 週平均50時間となる 労働時間数（A） | 法定労働時間の総枠（B） |
|---|---|---|---|
2月（28日） | 208時間 | 200時間 | – |
3月（31日） | 168時間 | 221.4時間 | |
4月（30日） | 165時間 | 214.2時間 | |
合計 | 541時間 | – | 508時間 |
まず、各月の週平均50時間となる労働時間数（A）を、以下の計算式で求めます。
- 50時間×各月の暦日数÷7日
各月の残業時間は、以下のとおりです。
|
|---|
月ごとの労働時間が週平均50時間を超えた場合、超えた月の給与に残業代が反映されます。上記のケースでは、2月分の給与で8時間分の残業代を支払う必要があります。
続いて、法定労働時間の総枠（B）を求める計算式は以下のとおりです。
- 40時間×清算期間の暦日数（89日）÷7日=508時間
最後に、清算期間全体の残業時間を求めます。考え方・計算式については、以下の表をご覧ください。
3カ月分の実労働時間 | 208時間+168時間+165時間=541時間 |
|---|---|
各月の残業時間の合計 | 8時間+0時間+0時間=8時間 |
清算期間全体の残業時間 | 541時間-508時間-8時間=25時間 |
つまり、25時間を清算期間全体の残業時間とし、清算期間の最終月である4月の給与に割増賃金を反映する必要があるでしょう。
有給休暇を取得しているケース
フレックスタイム制の場合も、有給休暇の取得日は、労使協定に定める「標準となる1日の労働時間を働いたもの」とみなされます。
たとえば、標準となる1日の労働時間が8時間の場合、実際に勤務していない日も8時間働いたとします。フレックスタイム制でも、有給休暇を取得した日は、労使協定で定めた標準となる1日の労働時間を労働したものとみなして賃金を支払います。ただし、時間外労働の判定は実労働時間を基礎に行うため、有休取得日そのものが残業時間になるわけではありません。
しかし、割増賃金の対象は、実労働時間が法定労働時間の総枠を超えた時間であるため、残業代の計算が複雑化しやすい点に気をつけましょう。
例として、暦日数が28日の月に実労働時間が190時間、有給休暇1日を取得した従業員の残業時間を求める考え方・計算式を紹介します。なお、標準となる1日の労働時間は8時間とします。
まず、清算期間における法定労働時間の総枠を求める計算式は以下のとおりです。
- 40時間×28日÷7日=160時間
有給休暇8時間分は実労働時間に含まれず、以下の計算から、168時間分の割増なしの賃金を支払う必要があります。
- 160時間+8時間=168時間
割増賃金を必要とする時間数は、実労働時間から法定労働時間の総枠を引いて計算します。計算式は以下のとおりです。
- 190時間-160時間=30時間
上記のケースでは、30時間を法定外残業とみなし、割増率125％以上で残業代を支払う必要があります。
固定残業代を設定しているケース
固定残業代とは、あらかじめ一定時間分の時間外労働等に対する割増賃金を定額で支払う制度です。
フレックスタイム制を採用している場合でも固定残業代の設定自体は可能です。
ただし、フレックスタイム制では実際の時間外労働時間が月ごと・清算期間ごとに変動するため、固定残業代として想定する時間数と実態が乖離するリスクがあります。
固定残業代を設定する際には、以下の要件を満たす必要があります。
- 基本給等と固定残業代が明確に区分されていること（明確区分性）
- 固定残業代が何時間分の対価であるかが明示されていること
- 固定時間を超えた時間外労働について、別途割増賃金を支払うこと
また、制度設計や運用が不適切な場合、固定残業代自体が無効と判断され、過去に遡って未払い残業代の支払い義務が生じるリスクがあります。
そのため、フレックスタイム制と固定残業代を併用する場合は、就業規則および雇用契約書において制度内容を明確に定めたうえで、実態に即した運用を行うことが重要です。
固定残業については、以下の記事で詳しく解説していますので参考にしてください。
フレックスタイム制の残業に関する注意点
フレックスタイム制の残業に関して、注意すべき点がいくつかあります。フレックスタイム制を導入済みまたは検討中の方は、今後の実務にお役立てください。
完全週休2日制の場合は特例が適用される
完全週休2日制でフレックスタイム制を導入した場合、特に清算期間が1カ月のケースでは、曜日の巡りによって矛盾が生じることがあります。
例として、清算期間は1カ月で1日の所定労働時間が8時間、土日休みである完全週休2日制の企業を考えてみましょう。
完全週休2日制の場合、平日が23日あると、法定労働時間（1日8時間・週40時間）を遵守していても、1カ月の実労働時間が法定労働時間の総枠を超えてしまいます。フレックスタイム制の導入によって、時間外労働が発生する点が矛盾しています。
上記のようなケースでは、総枠計算によって時間外とならない場合がありますが、調整を受けるには労使協定に定めが必要です。「実労働時間の限度を清算期間内の所定労働日数×8時間とする」など、わかりやすく定めておきましょう。
翌清算期間への残業時間の繰り越し・相殺は認められない
フレックスタイム制では、清算期間内の労働時間が不足している場合、不足分の時間を翌清算期間に繰り越せます。
一方で、清算期間内で残業時間とみなされる超過分の繰り越し・相殺などは認められません。そのほか、不足分を繰り越した翌清算期間の労働時間が、法定労働時間の総枠を超えた場合も超過分の残業代を支払う必要があります。
残業命令には36協定の締結が必要
フレックスタイム制に関わらず、36協定を締結していれば業務上必要な残業命令は可能です。
36協定を締結していないにもかかわらず、残業を命じることがないようにしましょう。
時間外労働に上限がある
フレックスタイム制にも、時間外労働の上限があります。月間45時間以内、年間360時間以内と法律で定められているため、超えないように管理が必要です。
ただし、特別な事情や臨時的な理由がある場合に、36協定を締結していれば上限を超える労働が認められます。月間100時間未満、複数月で平均80時間以内、年間720時間以内の時間外労働が可能ですが、月45時間を超過できるのは年に6回までです。
フレックスタイム制に対応の「バクラク勤怠」で残業時間をスムーズに管理しよう
フレックスタイム制の残業時間は、清算期間の実労働時間が法定労働時間の総枠を超える時間を指します。残業時間の計算は清算期間や有給休暇の取得有無によって異なり、誤った計算をすると、従業員との給与トラブルにつながる恐れもあるため注意が必要です。
勤怠管理者は従業員の労働時間を適切に管理し、給与の計算・支払いを行わなければいけません。残業時間を含む労働時間を正確かつ効率的に管理するには、フレックスタイム制に対応した勤怠管理システムの導入がおすすめです。
バクラク勤怠は、フレックスタイム制・固定時間労働制・裁量労働制などのさまざまな働き方に対応したシステムです。残業時間の見込みを日々の勤務実績から計算し、出退勤漏れがあった際は、従業員が申請した段階で残業時間の見込み計算に即時反映されます。
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