【2026年】年末調整の変更点まとめ｜基礎控除の引上げと12月精算の実務

令和8年分の改正でもっとも実務上ややこしいのが、適用タイミングです。ここを理解していないと、従業員への説明も社内の段取りもずれます。

11月までの給与計算（源泉徴収事務）は従来どおり

国税庁「令和8年4月 源泉所得税の改正のあらまし」では、令和8年11月までの給与等の源泉徴収事務に変更は生じないと示されています。令和8年分の源泉徴収税額表は令和7年度改正までを反映したもので、令和8年度改正で新設・拡充された基礎控除の特例加算は織り込まれていません。1月から11月の毎月の給与は、この税額表で計算した税額を天引きしている状態です。

国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」も、令和8年12月に行う年末調整では引上げ後の基礎控除額と令和8年分の「年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表」に基づいて1年間の税額を計算し、改正前の「源泉徴収税額表」によって計算した源泉徴収税額との精算を行うと明記しています。

参考リンク：
  国税庁「令和8年4月 源泉所得税の改正のあらまし」
  国税庁「令和8年分 源泉徴収税額表」

12月の年末調整で「差額控除」を反映する

令和8年12月に行う年末調整では、改正後の基礎控除額と改正後の「給与所得控除後の給与等の金額の表」で1年間の税額を計算し、すでに源泉徴収した税額と精算します。12月の年末調整で反映されるのは、おおむね次の4点です。

1. 基礎控除（本則）の差額：58万円→62万円
2. 給与所得控除（最低保障額・本則）の差額：65万円→69万円
3. 基礎控除の特例加算：最大42万円
4. 給与所得控除（最低保障額）の特例加算：5万円

12月給与での還付額は例年と異なる

月次で控除しきれていない分を12月にまとめて精算するため、多くの従業員で還付が生じます。合計所得金額489万円以下の従業員では、基礎控除額が前年の58万円から104万円になり、46万円分の控除が12月にまとめて反映されます。

11月末までに、還付原資、預り金がマイナス残高になる場合の仕訳、12月給与への反映方法の3点を経理と確認してください。過納額は年末調整を行った月分の徴収税額から差し引いて還付し、それでも還付しきれないときは、その後に納付する徴収税額から順次差し引きます。

還付することとなった日の翌月から2か月を経過しても還付しきれないと見込まれる場合は、「源泉所得税及び復興特別所得税の年末調整過納額還付請求書兼残存過納額明細書」を所轄税務署に提出して還付を受けられます。今年は還付額が大きくなるため、この手続きが必要になる可能性を経理と共有しておいてください。処理の具体的な流れは「年末調整と給与計算の連携」の記事で解説します。

参考リンク：国税庁「令和8年度税制改正（所得税の基礎控除の引上げ等関係）Q＆A」Q3-1

「最後の給与の支払日」と「中途退職」は分けて考える

改正後の控除が適用されるのは、令和8年12月1日以後に支払う給与について年末調整を行う場合です。ここで混同しやすいのが「在職しているが最後の給与の支払日が早いケース」と「年の中途で退職したケース」です。この2つは精算のしかたが異なり、該当者全員が確定申告をしなければならないわけではありません。

ケース1：年の中途で年末調整を行う人（死亡退職者・海外転勤者など）

次のような人は、年の中途であっても一定の要件のもとで年末調整の対象になります。「年末調整を受けられない人」ではないため、一律に確定申告が必要と案内しないよう注意します。

• 死亡により退職した人
• 海外の支店等への転勤などにより非居住者となった人
• 著しい心身の障害のため退職し、本年中に再就職の見込みがない人
• 12月に支給期の到来する給与の支払を受けた後に退職した人
• いわゆるパートタイマーとして働いている人などが退職した場合で、本年中に支払を受ける給与の総額が136万円以下の人（退職後、本年中に他の勤務先等から給与の支払を受けると見込まれる人を除きます）。この136万円は扶養親族等の所得要件の改正に合わせた令和8年分の金額です（令和7年分は123万円）

これらの人は退職・出国の時点で勤務先が年末調整を行い、改正後の控除を使えるかどうかは最後の給与の支払日で分かれます。

つまり同じ海外転勤者でも、11月に出国して最後の給与が11月支払いなら改正後の控除は適用されず、12月に給与を支払うなら適用されます。死亡退職も同じ考え方で、退職の事由ではなく支払日を基準に判断します。支払日が11月30日以前になる人には、年末調整済みでも改正分について確定申告（死亡退職の場合は準確定申告等）で還付を受けられることを伝えておきます。国税庁Q＆Aは、海外転勤により非居住者となった人・死亡により退職した人に加えて、休業や休職をして令和8年末までに復職していない人も、11月30日以前に最後の給与を受けて年末調整を受けた場合は確定申告が必要になると示しています。ただし源泉徴収税額がない人（源泉徴収票の「源泉徴収税額」欄が0円の人など）は、確定申告をしても還付される税金はありません。

なお、11月30日以前に準確定申告書を提出した場合は、令和8年12月1日から令和13年12月1日までに更正の請求を行うことで改正後の控除の適用を受けられます（法定申告期限が到来していない場合は訂正申告でも可）。

参考リンク：国税庁「令和8年度税制改正（所得税の基礎控除の引上げ等関係）Q＆A」Q1-3・Q6-1・Q6-3・Q7-1

ケース2：ケース1に該当しない中途退職者

上記の要件に該当しない一般的な中途退職者（自己都合で年の中途に退職した人など）は、退職時には年末調整を行わず、その後の状況によって精算方法が変わります。

つまり、中途退職者のうち確定申告が必要になるのは「年内に再就職せず、どこでも年末調整を受けていない人」です（死亡退職者や海外転勤者のように年の中途で年末調整を行う人は含まれません）。退職者への案内では、源泉徴収票を速やかに交付し、再就職先で年末調整を受ければ確定申告は不要であることを明記すると、問い合わせを減らせます。

担当者の確認手順

1. 対象者のうち、令和8年12月1日以後に給与の支払がある人を支払日ベースで一覧化する（休職者・海外赴任者を含む）
2. 支払日が11月30日以前になる人（休業・休職のまま年末まで復職しない人を含む）は、年末調整を行ったうえで、改正後の控除は適用されず、その適用を受けるには本人の確定申告等が必要になることを案内する
3. 退職者・出国者は、まず「年の中途で年末調整を行う要件（死亡退職・非居住者となる海外転勤など）に該当するか」を判定し、該当する人はその時点で年末調整を行う。該当しない人には源泉徴収票を交付する
4. 年内に中途入社した人は、前職の源泉徴収票の回収状況を年末調整前に確認する

退職時に年末調整を行う要件の当てはめは判断が分かれやすいため、迷った場合は税理士に確認してください。対象者判定の詳細は「年末調整の対象者・対象外の判定」の記事で解説しています。