年末調整と確定申告の違い・両方が必要になるケースについて解説

年末調整と確定申告は、対象者や受けられる控除の種類が異なるため、会社で受ける年末調整とは別に確定申告が必要なことがあります。また、両方の手続きをすることで、納税者にメリットがもたらされるケースもあるでしょう。

本章では、年末調整と確定申告の両方が必要なケースを紹介します。

確定申告が必要になるケース

年末調整と確定申告の両方が必要な4つのケースについて詳しく見ていきましょう。

年収2,000万円以上や副業収入が年20万円を超える場合

年収2,000万円以上の会社員は、会社で行う年末調整の対象外です。社会保険料控除や配偶者控除といった所得控除の適用・計算ができないため、自身で確定申告を行わなければいけません。

なお、年収2,000万円以上の会社員は、配偶者特別控除も対象外です。年収に関わらず適用される所得控除を確定申告の際に申告して、税の負担軽減を図る必要があります。寄附金控除や生命保険料控除がある場合も、漏れなく申告しましょう。

副業収入が年20万円を超える場合も、確定申告が必要です。たとえば、会社員が副業でフリーランスとして収入を得ている場合、勤務先での年末調整とは別に確定申告を行わなければいけません。

複数の会社から給与をもらっている場合

複数の会社から給与をもらっている場合、主たる勤務先以外から受け取った給与収入が20万円を超えると、確定申告が必要です。年末調整ができるのは1人につき1カ所のため、通常は主たる勤務先のみで年末調整を行います。

たとえば、会社員として勤務しながらアルバイトをしている場合、アルバイト先から受け取る給与収入が20万円を超えると確定申告が必要になるため注意しましょう。

転職して前職の給与が年末調整に含まれていない場合

年の途中で転職して、前職の給与が年末調整に含まれていない場合も、確定申告が必要です。

ただし、前職の源泉徴収票を転職先に提出すれば、前職分を含む年末調整を行ってもらえるため、確定申告は不要です。また、年収160万円以下で源泉徴収された金額がない場合も、確定申告は必要ありません。

源泉徴収票の提出が年末調整の期日に間に合わない場合は、個人で確定申告を行いましょう。

不動産を売却して利益が出た場合

土地や建物などの不動産を売却して利益（譲渡所得）が発生した場合、確定申告が必要です。

また、マイホームの売却で利益を得た場合に利用できる「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例」を利用する際も同様です。譲渡所得の内訳書を添えて確定申告を行うことで、譲渡所得の3,000万円控除の適用を受けられます。

確定申告をした方がよいケース

続いて、確定申告をした方がよい3つのケースを紹介します。

医療費控除などを受けたい場合

医療費控除・寄附金控除・雑損控除は、年末調整で手続きができません。控除を受けるには、確定申告が必要です。

医療費控除とは、自身や同一生計配偶者・親族のために支払った医療費の一部を、所得から差し引いて税負担を減らす制度です。1年間に支払った医療費が10万円（総所得が200万円未満の場合は総所得の5％）を超えると、200万円を上限として医療費控除が適用されます。

また雑損控除は、自然災害や火災、盗難、横領などで、生活に必要な資産が損害を受けたときに適用される控除です。寄附金控除については後述します。

ふるさと納税や寄附をした場合

以下のいずれかに該当する場合、確定申告を行うことで寄附金控除を受けられます。

• ふるさと納税でワンストップ特例制度を利用していない
• 国や地方公共団体、認定NPO法人などに寄附をした場合

所得税は当年、住民税は翌年から控除される仕組みです。

ふるさと納税については、ワンストップ特例制度を利用すると、確定申告が不要となり手続きを簡素化できます。しかし、特例制度の利用にはいくつかの条件があり、寄附先の自治体が6カ所以上の場合などは、対象外のため注意が必要です。

また、寄附先が5カ所以内であっても、確定申告をすると利用の対象から外れます。医療費控除や雑損控除を受ける場合は、確定申告の際に寄附金控除の手続きも併せて行う必要があります。

住宅ローン控除を初めて受ける場合

住宅ローンを組んだ初年度は、住宅ローン控除を受ける際に確定申告が必要です。確定申告を行うことで、住宅ローンの残高に応じた金額を、所得税から控除できます。2年目以降は年末調整で控除を受けられるため、確定申告は必要ありません。

ただし、住宅ローン控除を受けるには、居住状況や床面積などの条件を満たす必要があるため注意しましょう。